Pozmieniałem jeszcze parę opcji w switchu, poczekam parę dni i zobaczę czy będzie ok.
Jeśli nie to zrobię reset i wgram DSM od nowa tak jak poradziłeś.

Tak kopie mam 1:1 na dyskach + na hdd zewnętrznym

A jakim sprzętem sieciowym dysponujesz? Masz switch zarządzalny czy piszesz o routerze?

Switch zarządzalny - TP-LINK SG1016PE

Po długich testach Synology działa teraz tak jak powinien.
Włączenie w switchu opcji IGMP Snooping rozwiązało problem.
Dziękuję wszystkim za pomoc.